بدأ ليونيل ميسي باللعب في سن مبكر مع نادي نيويلز أول بويز . عندما كان يبلغ من العمر 11 عاماً، عانى من مرض نقص هرمونات النمو و الذي يحد من نموه، ولم يستطع أبويه أن يعالجوه في الأرجنتين لكلفة العلاج الباهظة، فانتقلوا إلى برشلونة، إسبانيا. بعد ذلك حاول ليونيل الانضمام إلى نادي برشلونة بالرغم من أن عمره 13 عاماً فقط. أبهرت مهاراته المسؤولين فقبلوه ليلعب مع نادي برشلونة B، الذي حقق معه انتصارات كثيرة، بمعدل أكثر من هدف واحد لكل مباراة. في أكتوبر عام 2004 شارك ليونيل مع أول مبارياته مع نادي برشلونة (الفريق الأول) ضد نادي إسبانيول، وكان ثالث أصغر لاعب يلعب مع صفوف الفريق الأول.

دخل ليونيل ميسي التاريخ من أوسع أبوابة عندما سجل هدفه الأول مع نادي برشلونة (الفريق الأول) أمام الباسيتي وذلك بعد تمريرة متقنة من قبل اللاعب الشهير رونالدينو ليسددها ميسي كرة ساقطة فوق حارس المرمى ، وبهذا الهدف يصبح ميسي أصغر لاعب في تاريخ برشلونة يسجل هدفاً ، وهو لم يتجاوز الـ17 عاماً .

وفي عام 2005 كانت الفرصة مناسبة لـليونيل ميسي لإثبات نجوميته عندما أستدعي لـمنتخب الأرجنتين للشباب وذلك للمشاركة في بطولة كأس العالم للشباب وبها بزغ نجمه وظهر للعالم عندما ساند وساعد منتخبه للحصول على البطولة بعد مستويات رفيعة أذهلت الجميع وليس أدل من ذلك إلا حصوله على لقبي الهداف وأفضل لاعب ليؤكد أفضليته المطلقة .

وفي نفس العام 2005 حصل اليافع الملقب بـ (ليو) على جائزة أفضل لاعب شاب أو الولد الذهبي الصادرة من مجلة توتو سبورت الإيطالية ، متفوقاً بذلك على العديد من الشبان الموهوبين كـواين روني و كريستيانو رونالدو و روبينهو وغيرهم .