اعتراضا على قرار حل الجماعة قام الجهاز الخاص بوضع خطة لاغتيال رئيس الحكومة – آنذاك – محمود فهمي النقراشي باشا، وكان يشغل وقتها إلى جانب رئاسته للحكومة منصب وزير الداخلية، ففي يوم 28/12/1948 تنكر الإخواني عبد المجيد أحمد حسن في زي ضابط بوليس، واقترب من رئيس الوزراء ووزير الداخلية - أثناء دخوله لمبنى الوزارة - مطلقاً عليه ثلاث رصاصات أدت إلى وفاته على الفور، ولم تمر ساعات قليلة إلا وكان مرشد الجماعة حسن البنا قد خط بياناً بعنوان: "ليسوا إخواناً وليسوا مسلمين"، زعم مقربون منه أن البيان كتب قبل يومين من الحادث، قال فيه: "لقد وقعت أحداث نسبت إلى بعض من دخلوا هذه الجماعة دون أن يتشرّبوا روحها، وتلا أمر حلّ الإخوان ذلك الحادث المروع، حادث اغتيال دولة رئيس الحكومة المصرية محمود فهمي النقراشي باشا، الذي أسفت البلاد لوفاته وخسرت بفقده علماً من أعلام نهضتها وقائداً من قادة حركتها ومثلاً طيباً للنزاهة والوطنية والعفة من أفضل أبنائها، ولسنا أقل من غيرنا أسفاً من أجله وتقديراً لجهاده وخلقه".
الغريب أن المتهم - بعد أن أنكر صلته بالإخوان وأصر على أنه قام بتنفيذ العملية من تلقاء نفسه - عاد واعترف بدور الجماعة في العملية فور سماعه لبيان المرشد العام، وبعيداً عن اعتراف الشاب بمسؤولية الإخوان الذي قد يدفع البعض بأنه جاء تحت وقع التعذيب أو التهديد، يعترف محمود الصباغ بعد أربعين عاماً على الحادث - في كتابه السابق الإشارة إليه، وفي معرض حديثه عن مقتل النقراشي باشا - بأن العملية جاءت من باب حماية الدعوة، في إشارة إلى قرار النقراشي بحل الجماعة ويواصل: "وبدأ السيد فايز - مسؤول الجهاز الخاص آنذاك - المعركة برأس الخيانة محمود فهمي النقراشي، وقد كوّن فايز خلية من: محمد مالك وشفيق أنس وعاطف عطية حلمي والضابط أحمد فؤاد وعبد المجيد أحمد حسن ومحمود كامل، لهذا الغرض، وبفخر يقول الصباغ: ونجح عبد المجيد أحمد حسن في قتل النقراشي في مركز سلطانه ووسط ضباطه وجنوده وهو يدخل مصعد وزارة الداخلية. 
ولم يتوقف الإخوان بعد اغتيال النقراشي ورأوا أن إبراهيم باشا عبد الهادي امتداد للنقراشي ومن ثم قرر الإخوان الفدائيون - هكذا يصفهم الصباغ – اغتيال إبراهيم باشا، وبالفعل كمنوا له في يوم 5 مايو 1949 في الطريق إلى رئاسة مجلس الوزراء وأطلقوا عليه وابلاً من الطلقات أصابت بعض المارة وكذلك الموكب الذي اعتقدوا أنه خاص بإبراهيم باشا، ولكنه كان موكب حامد جودة رئيس مجلس النواب، الذي لم يصب بأي أذى، وبعد القبض على منفّذي العملية بدأت محاكمتهم التي استمرت حتى قيام ثورة يوليو، واعتبر بعدها المتهمون أبطال تحرير وصدر عنهم جميعا عفو شامل.